微生物肥料简称菌肥，是一种含有大量微生物，对土壤矿物和有机质等物质具有较强降解和转化能力，并使养分有效性提高的制品。有机蔬菜是指蔬菜产品中各种有害物质农药、重金属、硝酸盐等残留量符合国家卫生标准的蔬菜，其中，硝酸盐含量与肥料的合理施用密切相关。微生物肥料可在环境中迅速降解，对环境无任何不良影响，用于蔬菜作物上，不仅能大幅度提高产量，而且能够逐步消除化肥污染，降低硝酸盐含量，提高蔬菜的品质，为有机蔬菜生产创造了条件。
微生物肥料在有机蔬菜生产中的作用：
１。降低蔬菜产品中硝酸盐含量
蔬菜易于富集硝酸盐，蔬菜作物体内养分不平衡是导致硝酸盐积累的内在原因。当土壤供应养分平衡，蔬菜作物体内硝酸盐还原的速度与氮的吸收速度有机配合协调统一时，在产品中的硝酸盐不会过多积累。微生物肥料主要依靠微生物新陈代谢活动发挥肥效，只有有机肥的长效性和化肥的特性，对蔬菜作物营养供应平稳且全面。由于氮素营养来源于生物固氮，而且固氮活性受植物对氮元素营养需要生理习性的调控，只要蔬菜作物不断对氮素营养需要，在满足固氮微生物所需要的固氮条件的基础上，氮素营养就会得到。磷、钾等元素依靠微生物对难溶性磷、钾的逐步缓慢分解为有效成分被蔬菜作物渐渐吸收。合理施用微生物肥料，有助于土壤中营养元素肥效的提高，减少化肥施用量，降低蔬菜产品中硝酸盐含量。在微生物作用下，产生和分解蔬菜作物所需要的营养物，既能供给氮、磷、钾营养元素，又能供给作物钙、镁、硫、铁、锰、锌、铜、硼、钼、硅十几种中微量元素，而且氮、磷、钾等营养元素的释放，受微生物的调控，能够较理想地满足蔬菜作物对氮、磷、钾以及中微量元素之间的平衡要求。
２。抑病抗病，减少农药残留量
增施微生物肥料，不仅能释放土壤中迟效的养分，供蔬菜作物利用，还能在一定程度上减轻病虫害的发生，降低病虫害的防治次数，减少农药残留量。一方面能改变土壤耕作层微生物区系，在蔬菜作物根系周围形成优势菌落，强烈抑制病原菌繁殖，使病害不发生；另一方面，微生物在其生命活动过程中产生激素类、腐植酸类以及类物质，能刺激作物生长健壮，抑制病害发生。增施微生物肥料，能够解决茄子、西瓜等蔬菜作物的重茬问题。
３。培肥地力，改良土壤
连年施用微生物肥料，特别是生物有机肥，可达到用地养地两结合之效，能逐年增加土壤有机质含量，改善土壤理化性状和生物性状，明显提高土壤中水、肥、气、热的综合作用，用的时间越长，地力越肥，增产越多，是一种可持续良性循环，不仅增强地力，而且从根本上解决了化肥对土壤的危害。